ENTerritorio se creó en 1968 como entidad adscrita al Departamento Nacional de Planeación - DNP. En sus primeros años, financió a entidades de derecho público y privado los estudios específicos, complementarios, de factibilidad y prefactibilidad de sus proyectos.
En los años 80´s promovió, fomentó y ejecutó proyectos de desarrollo con beneficios económicos y sociales en todo el Estado colombiano y en 1992 se convirtió en una Empresa Industrial y Comercial del Estado de carácter financiero, vinculada al DNP como Agencia de Proyectos de Desarrollo.
A partir del Decreto 288 de 2004, ENTerritorio interviene en cualquiera de las etapas del ciclo de proyectos, a través de sus líneas de negocios.